高温好氧发酵过程可分为快速升温阶段、高温阶段、 降温阶段。 物料进入发酵室内，在 1~2d内快速分解，释放的热量使物料温度快速升高， 温度一般为50～65℃。 .高可达到 80℃。通过送风系统向发酵室内均匀送氧，满足发酵过程氧气量需求，使物料充分发酵分解，高温阶段维持5~7d。 当分解速度缓慢下降时，温度逐渐降低。整个发酵过程持续9~10d。温度升高与通风充氧加快物料水分的蒸发，从而减少物料体积，达到物料的减量化、稳定化的处理目的。发酵室温度在50℃以上维持5～7d，可以较好的杀灭虫卵、病原菌和杂草种子。符合国家处理要求，达到污泥无害化处理的目的。

槽式有机肥发酵设备。槽式发酵需要的设备是槽式发酵翻堆机，该翻堆机具有处理量大、占地小、操作简单、可实现无人驾驶等优点。但因为要建发酵槽，造成发酵场固定，有一定的局限性，透气性也没有条垛式好。目前，槽式发酵有机肥翻堆机在翻抛功能的基础上有些设计有加氧装置，可增加透气性；有些增加了打碎搅拌功能，适合于粪便型、糟渣类和纤维较多、黏性小的发酵物，这样可以省却原料搅拌打碎这些前处理工序，减少了生产环节。槽式有机肥翻堆机因其在固定轨道上行走，大多采用电机驱动，其价格主要与其电机功率有关。