pH 是影响微生物生长的重要因素之一。有研究表明，一般微生物适宜的pH是中性和微碱性，pH 过高或过低，都会影响堆肥的顺利进行。富含纤维素和蛋白质的禽畜粪便堆肥的.佳 pH 在 7.5-8.0，当 pH≤5.0 时底物降解速率几乎为 0，pH≥9.0 时底物的降解速率降低，且氨态氮大量挥发，损失严重。据文献报道，美国国家环境保护局规定，堆肥混合物的 pH 应为 6-9。

生物活动和氮的保存有重要影响，一般要求原料的 pH 为 6.5 。好氧发酵有大量氨态氮生成，使 pH 升高，发酵全过程均处于碱性环境，高 pH 增加氮损失。工厂化快速发酵应注意 pH ，可通过加入适量化学物质作为保护剂，调节物料酸碱度。堆肥时添加秸秆，由于秸秆在分解过程中能产生大量的有机酸，因此需要添加石灰中和。

禽畜粪便加入秸秆时，首先应在秸秆中加入相当于秸秆质量 2%-3% 的石灰先行堆沤调整 pH，又可破坏秸秆表面蜡质层，以利于吸水，然后再与禽畜粪便混合堆肥发酵。如有条件，可加入一些酸性的磷石膏调剂pH也有很好的效果。